Nazwa miasta pochodzi od pustelni św. Franciszka w Toskani (włoskie La Verna, łacińskie Alvernia) nadał ją kasztelan Krzysztof Koryciński ufundowanemu w 1616 roku klasztorowi Bernardynów. Klasztor zbudowano na wzniesieniu w latach 1625-1656, a kościół w latach 1630-1676. Pod klasztorem powstała osada, która stała się później zalążkiem miejscowości Alwernia. W 1776 roku otrzymała przywilej organizowania jarmarków, a w 1796 r. wzmiankowana jest jako miasto, ośrodek gospodarczy i administracyjny. Właścicielami Alwerni byli Szembekowie.

W 1926 roku powstała na południe od Alwerni fabryka chemiczna, do dzisiaj największy zakład przemysłowy miasta. Dzięki bliskości Krakowa i ładnej okolicy osada rozbudowała się i w 1993 roku uzyskała prawa miejskie.

Dzieje Alwerni są ściśle związane z historią klasztoru ojców bernardynów. Jego fundator kasztelan wojnicki i starosta gniewkowski Krzysztof Koryciński herbu Topór, właściciel sąsiednich dóbr Poręba-Żegoty przebywał we Włoszech, gdzie odwiedził prawdziwą Alwernię w Toskanii. Góra Alwernia nad rzeką Arno słynie z pobytu na niej św. Franciszka z Asyżu, który tu właśnie miał wizję Chrystusa i tu otrzymał łaskę stygmatów na rękach, nogach i boku. Koryciński urzeczony pięknem Toskanii i przejęty do głębi duchową atmosferą miejsca postanowił po powrocie do Polski stworzyć podobne miejsce naśladujące włoski pierwowzór.

W tym czasie, w nieodległym Zebrzydowie, Mikołaj Zebrzydowski budował pierwszą polską Kalwarię i klasztor bernardynów. Być może to właśnie skłoniło Korycińskiego do naśladowania pobożnego magnata. W 1616 roku Krzysztof Koryciński podarował bernardynom zalesioną górę Podskale o 2 łanach powierzchni. Miejsce to spodobało sie dwóm światłym zakonnikom Krzysztofowi Scipio Campo oraz Piotrowi z Poznania. Na zachodnim zboczu góry zbudowano zrazu kosciół drewniany pod wezwaniem stygmatów św. Franciszka wraz z niewielkim klasztorem. Wykarczowano w lesie wielką polanę. W tym czasie przybyło do Alwerni kilku zakonników. Pierwszym gwardianem został o. Daniel z Krakowa. Dokument erekcyjny wystawił fundator 3 lutego 1627 roku.

Drewniany kościół istniał do roku 1661. Budowę murowanego kościoła i klasztoru rozpoczęto w 1625 roku. Przyczynił się do tego zwłaszcza o. Piotr z Poznania. Kościół w tym stylu barokowym zaczęto budować w roku 1630. Prace trwały bardzo długo ze względu na trudności materialne. W 1660 roku poświęcił kościół biskup krakowski Andrzej Trzebicki. Konsekracji dokonał sufragan Mikołaj Oborski w roku 1676. Równie powoli ciągnęła się budowa klasztoru , a prace zakończono w 1655 roku. W latach 1703-1708 dobudowano do kościoła niedużą kaplicę na pomieszczenie cudownego obrazu Pana Jezusa Miłosiernego.W 1897 roku gwardian o. Stefan Podworski wystawił wysoką, 55-metrową wieżę na dzwony z ofiar złożonych przez Górnoślązaków.

Po wschodniej stronie klasztoru w XVIII wieku powstało osiedle, wzmiankowane w żródłach jako wieś, leżąca w dobrach Aleksandra Szembeka. Rozwój miasteczka nastąpił w związku z napływem pielgrzymów, nawiedzających łaskami słynący obraz Pana Jezusa w kościele ojców bernardynów. W 1796 roku Alwernia wzmiankowana jest już jako miasto. Wtedy też zapewne powstało urbanistyczne rozplanowanie miasta, z wielkim, prostokątnym rynkiem.

Nieco wcześniej, w roku 1778 król Stanisław August Poniatowski nadał Alwerni przywilej targowy. Według tardycji, odbywało się tu dwanaście wielkich jarmarków, co nie pozostało bez wpływu na rozwój miasta. Pod koniec XVIII wieku znajdowały się w Alwerni 33 domy i żyło 208 mieszkańców. Wśród grup zawodowych najliczniejsi byli: garncarze, rzeźnicy, piekarze, kramarze, szewcy, stolarze, szynkarze i tkacze.

W 1859 roku otwarto w miasteczku szkołę jednoklasową. W tym czasie, z inicjatywy Feliksa Florkiewicza powstała tu także Szkoła Pszczelarska, która niestety nie funkcjonowała długo.

Od 1845 roku miasto posiadało pieczęć, na której przedstawiony był kościół z wieżą pomiędzy dwoma jodłami. W dziewiętnastym stuleciu doliczono się już 77 domów i 524 mieszkańców, w tym także Żydów.

W 1896 roku rozpoczęto budowę lini kolejowej z Trzebini do Oświęcimia.